Convert image data to 3D matrix of intensities

img_data_to_3D_mat(img_data, coord_extra_dim)

Arguments

img_data

Image data returned by e.g. read_dicom or read_nifti1

coord_extra_dim

Coordinates in extra dimensions (beyond 3) that define the particular 3D image of interest. Not applicable for DICOM; pass NULL in that case.

Value

3D array of intensities where third dimension is slice

Examples

data(sample_nifti_img)
img_data_to_3D_mat(sample_nifti_img)
#> , , 1
#> 
#>       [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
#>  [1,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#>  [2,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#>  [3,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#>  [4,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#>  [5,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#>  [6,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#>  [7,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#>  [8,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#>  [9,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [10,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [11,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [12,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [13,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [14,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [15,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [16,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [17,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [18,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [19,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [20,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [21,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [22,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [23,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [24,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [25,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [26,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [27,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [28,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [29,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [30,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [31,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [32,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
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#> [34,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
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#> [36,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [37,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [38,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [39,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [40,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [41,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [42,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [43,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [44,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [45,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [46,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [47,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [48,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [49,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [50,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [51,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [52,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [53,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [54,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [55,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [56,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
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#> [62,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
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#>       [,14] [,15] [,16] [,17] [,18] [,19] [,20] [,21] [,22] [,23] [,24] [,25]
#>  [1,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#>  [2,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#>  [3,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#>  [4,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#>  [5,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#>  [6,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#>  [7,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#>  [8,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#>  [9,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [10,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [11,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [12,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [13,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [14,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [15,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [16,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [17,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [18,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [19,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [20,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [21,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [22,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [23,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [24,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [25,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [26,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [27,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [28,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [29,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [30,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [31,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [32,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [33,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [34,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
#> [35,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
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#> [37,]    13    14    15    16    17    18    19    20    21    22    23    24
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#> [15,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [16,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [17,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [18,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [19,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
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#> [22,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
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#> [29,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [30,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [31,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [32,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [33,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
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#> [45,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
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#> [48,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [49,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
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#> [17,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [18,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [19,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [20,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [21,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [22,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [23,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [24,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [25,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
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#> [27,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
#> [28,]    0    1    2    3    4    5    6    7    8     9    10    11    12
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#>       [,14] [,15] [,16] [,17] [,18] [,19] [,20] [,21] [,22] [,23] [,24] [,25]
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